Republički Sekretarijat za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina (u daljem tekstu : Sekretarijat) je kao posebna upravna organizacija formiran prema Zakonom o ministarstvima (Službeni glasnik Republike Srpske br. 70/02).
Krug poslova koji spadaju u nadležnost ovog Sekretarijata određen je u članu 39. pomenutog Zakona o ministarstvima (Službeni glasnik Republike Srpske br. 70/02, 33/04 i 33/06) i obuhvata poslove koje su do donošenja ovog Zakona obavljala tri državna organa i to :
-Biro Vlade Republike Srpske za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom za ratne zločine u Hagu,
-Dokumentacioni centar Republike Srpske i
-Komisija za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske.
S obzirom da je Republički Sekretarijat za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina, prema Zakonu o ministarstvima (Službeni glasnik Republike Srpske br. 70/02) preuzeo sve poslove pomenuta tri državna organa, oni su na osnovu toga prestali da postoje, jer pomenuti Zakon nije ni na koji način zadržao samostalnost nijednog od gore pomenutih državnih organa.
Dana 05.05.2003.god. Visoki Predstavnik za Bosnu i Hercegovinu, g. Paddy Ashdown uputio je pismo Predsjedniku Vlade Republike Srpske koje sadrži uputstva za tumačenje člana 39. pomenutog Zakona o ministarstvima Republike Srpske u smislu vraćanja Komisije za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske na njenu prethodnu poziciju.
Nakon toga, Vlada Republike Srpske, na sjednici održanoj 22.05.2003. godine, pod brojem 02/1 - 020 - 389/03, donijela je Odluku o osnivanju Kancelarije za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske, čime su svi poslovi vezani za traženje nestalih i zarobljenih lica, a koji su bili u nadležnosti Sekretarijata prešli na pomenutu Kancelariju, tako da je od tog dana Sekretarijat prestao da obavlja navedene poslove. Sredstva, koja su, u Budžetu Republike Srpske za 2003. godinu, u okviru sredstava odobrenih Sekretarijatu, bila namijenjena za obavljanje pomenute vrste poslova, nakon donošenja gore navedene Odluke Vlade Republike Srpske, doznačena su novoosnovanoj Kancelariji za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske.
S obzirom da je već početkom marta mjeseca 2003. godine, od Međunarodne komisije za nestale osobe (ICMP) pokrenuta inicijativa da se utvrđene nadležnosti Republičkog Sekretarijata za odnose sa Međunarodnim krivićnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina, koje je do sada vršila Komisija za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske, odvoje od Sekretarijata i ponovo prenesu u nadležnost Komisiji za traženje nestalih i zarobljenih lica Republike Srpske, što se na kraju i desilo na, gore opisani način, Sekretarijat je, odmah po donošenju pomenute Odluke Vlade Republike Srpske, prekinuo bilo kakav dalji rad na navedenim aktivnostima.
Republički Sekretarijat za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina podnosi godišnji izvještaj o radu Vladi Republike Srpske.
Direktora Republičkog Sekretarijata za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zločina imenuje Vlada Republike Srpske.
Na, sjednici održanoj 25.11.2004. godine, Vlada Republike Srpske, donijela je Rješenje po kojem se diplomirani pravnik g. Jovan Spaiđ postavlja za direktora Republickog sekretarijata za odnose sa Međunarodnim krivičnim sudom u Hagu i istraživanje ratnih zlocina.(Biografija Jovana Spaića)
